Para el ciclo 2002-2003, los Pumas de la Universidad Nacional Autónoma de México, se encontraban en la misión de interrumpir la racha de 13 años sin poder firmar un título de liga. De la mano de Hugo Sánchez firmaron un par de semifinales y un boleto a octavos de final en su actuación debut en la Copa Libertadores, donde se enfrentaron a Gremio, Peñarol, Bolivar y Cobreloa de Chile.
A partir de ese choque y visoria internacional, el cuadro felino se hizo de los servicios de figuras como Darío Verón, uno de los símbolos del club en el siglo XXI, así como Joaquín Botero, estrella del Bolívar y quien en 2002 firmó el título del Mejor Goleador de Primera División en el mundo y llegó a los Pumas para el Apertura 2003 con ese título que peleó con José Saturnino Cardozo, ariete de Toluca en aquel ciclo.
Junto al ya mencionado paraguayo, proveniente de Cobreloa chileno y el uruguayo Sebastián Taborda, Botero se enfundó en la camiseta felina con los que se estrenó como goleador hasta la jornada 13 del torneo en una victoria sobre Necaxa en el Estadio Olímpico Universitario. En aquel torneo sólo pudo hacerse presente en el marcador en tres ocasiones, incluyendo un gol en liguilla ante Toluca en el Nemesio Diez, aunque insuficiente para que los felinos derrotaran a los mexiquenses en cuartos de final.
Un torneo más tarde, Taborda salió del equipo, lo que parecía abrirle la ventana para Botero, quien anotó desde la primera fecha ante las Águilas del América en el Estadio Azteca, no tuvo muchas oportunidades tras la llegada de Bruno Marioni quien logró coronarse como mejor goleador en México en el Clausura 2004 con 16 goles en un campeonato donde los Pumas finalmente pudieron alzar su cuarta corona ante las Chivas.
Para el Apertura 2004, sin embargo, con el argentino fuera del club, tomó un rol preponderante junto a Diego Alonso en la zona delantera, particularmente en la liguilla, donde su actuación ante Veracruz, Atlas y Monterrey llevaron a los felinos a ser el primer bicampeón en la historia de los torneos cortos.
Tras dos años con el equipo, donde jugó tanto la Liga de Campeones de Concacaf y la Copa Libertadores, Botero salió de Pumas para la Liga Argentina, donde vistió la camiseta de San Lorenzo de Almagro, lo que lo llevó después al Deportivo Táchira y al Bolivar, previo a su segunda experiencia en México con el Correcaminos de la Universidad Autónoma de Tamaulipas en el ciclo 2006-2009.
Entre 2010 y 2011, el boliviano partió al continente asiático, donde jugó una campaña en los Emiratos Árabes Unidos, así como en China con el Henan Jianye para regresar definitivamente a Bolivia donde se retiró por primera vez tras la temporada 2013-2014 con Sport Boys Warnes.
¿Dónde jugó por última vez Joaquín Botero y qué fue del ex-delantero de los Pumas?
Tras seis años en el retiro, en 2020, dos meses antes de la llegada de la pandemia a Bolivia y como el segundo goleador histórico de la Selección de Bolivia, Joaquín Botero anunció su regreso a las canchas para otro equipo estudiantil, aunque en su nación con la Universidad San Francisco de Asis en Tupiza por la Primera División A de la nación sudamericana a los 42 años. Sin embargo, la aventura no prospero y actualmente se encuentra desarrollando proyectos personales, aunque con una cuenta de Twitter activa para recuerdos de su paso como jugador con Bolivar y los Pumas.
